En août 1793, la situation de Rigouard empirant, à la suite de l'opposition girondine et du soulèvement royaliste de Toulon, les représentants Barras et Fréron ordonnèrent le transfert provisoire de l'évéché à Draguignan. Cette décision ne fut finallement pas éxécutée.

Pendant la Terreur l'évêque Rigouard ne fit pas parler de lui; membre du Comité des Subsistances il fit preuve de modération.
(Il écrivit même au curé de Lorgues Raynaud, arrêté à Marseille sous l'inculpation de sectionnaire et en témoignant pour le sauver. )
Aprés la chute de Robespierre la Convention abolit les mesures contre les prêtres réfractaires et autorisa la réouverture de quelques églises. Le 1er février 1795 on rouvrit à Lorgues la chapelle des Trinitaires pour les prêtres non assermentés, l'église paroissiale ou " Temple Décadaire demeurant pour les constitutionnels". Lorgues fut une des rares paroisses où les deux sortes de cultes catholiques furent admis d'une manière aussi nette. L'évêque Rigouard officiait entouré des abbés Guichard, Jacques Vaille, ex-capucin, Cavalier, Mouriés et Raynouat, tandis que l'autre parti était représenté par les abbés Honoré Vian, Chieusse, Codde, Turles, Auriol, Espitalier, Dauphin, les chanoines Chieusse de Combaud, Allaman et Esprit Gfas. Ceux-ci constituèrent même , avec l'autoisation du pape, une confrérie des Saints-Anges.

Sous le Directoire, la situation religieuse connut encore plusieurs crises. Le 13 novembre 1796 (23 Brumaire an V) l'exercice des cultes est supprimé en France. Mgr Rigouard, destitué, reçoit une pension de 800 livres. Il se retire dans son village natal Solliès-Pont où il meurt quelques années après, le 15 mai 1800.

Lorsque les cultes sont à nouveau autorisés, le pape signe un concordat avec Napoléon. On revient à l'ancienne église d'avant 1789. Le diocèse de Fréjus disparaît alors, il est rattaché à celui d'Aix. Le concordat de 1827 rétablit l'évêché de Fréjus, Mgr de Richery en sera le premier titulaire.

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